A técnica de produzir um bonsai a partir de uma semente é chamada de MISHO. A grande vantagem do Misho é que se pode trabalhar a muda desde o começo, ou seja, orientá-la já no seu segundo ano de vida. Entretanto é o processo mais demorado, se comparado com a obtenção de mudas direto da natureza (YAMADORI) ou mudas adquiridas em viveiros, prática que oferece a vantagem de obtenção de um bonsai geralmente em um espaço de tempo mais curto.
Produzir um bonsai a partir da semente requer a obtenção de uma boa semente, originária de árvores saudáveis e com potencial de germinação superior a 50% pelo menos (para cada duas sementes plantadas pelo menos uma germinará). Quanto mais sementes plantar, maior a chance de obter uma muda.
As cerejeiras foram introduzidas no Brasil, no estado de São Paulo, por imigrantes japoneses que trouxeram três variedades: A OKINAWA que se adaptou primeiro no país, com flores de coloração vermelha carregada. É possível obter mudas a partir de sementes. A HIMALAIA que é uma árvore de porte maior com flores miúdas róseas claras e nuances de verde clara. A manutenção da árvore é difícil por se mostrar sensível aos ventos, podendo quebrar com certa facilidade. Costuma produzir sementes em abundância e germina com certa facilidade. A YUKIWARI é uma variedade proveniente da região sul do Japão. A florada é de cor rósea clara, muito abundante chegando a formar cachos. É uma árvore muito robusta alcançando uma altura de 10 metros e copa de 7 a 8 metros de largura. Geralmente não produz sementes, sendo a multiplicação feita por estaquia.
Para plantar as sementes pode ser utilizado copinho de café descartável. Deve ser utilizada terra com adubo orgânico bem curtido em pouca quantidade, pois a acidez do esterco “verde” queimará as raízes. Não utilizar adubo químico, mas se achar conveniente proceder da seguinte maneira: colocar ¼ de colher de café de adubo NPK 4:14:8 no fundo do copo e cobrir com a terra preparada para o plantio, colocar a semente e cobrir com uma camada delgada do substrato. Evitar terra argilosa, pois após molhada forma uma crosta na superfície e a semente não respira. A aeração das sementes é importante. Utilize uma mistura de terra preta com areia em partes iguais e acrescente 10% de húmus de minhoca. A rega deve ser dosada evitando encharcar o solo. Evite que a terra se movimente durante as regas. Faça aspersão fina ou gotejamento bem suave, caso contrário o jato de água vai retirar a camada superficial do solo e mudar as sementes de posição o que poderá inviabilizar a germinação. O copinho já plantado poderá alternativamente ser colocado sobre uma bandeja com água, de modo que a mesma suba por capilaridade, umedecendo a terra. Fazer a reposição na bandeja sempre a água secar. Outra forma é colocar a semente para germinar em areia pura mantendo boa umidade, o que facilita a aeração da semente. Lembrar que a areia é altamente permeável o que implicará em maior controle sobre a umidade. O transplante deverá ser feito com as mudas bem pequenas ainda, para um substrato com terra adubada.
Para a bandeja ou vaso poderá ser utilizada uma mistura composta de 10% de húmus de minhoca; 50% de terra preta; 10% de barro vermelho e 30% de areia grossa (areia de rio, não pode ser areia de praia por causa dos sais).